Normalmente se puede eliminar un virus si se tiene un antivirus actualizado, pero dependiendo del virus puede ser imposible de recuperar los archivos afectados o incluido destruidos si no se dispone de un respaldo de estos en un medio externo (otra partición del disco, usb, en un host online, etc.)
Lo único que puedes intentar, después de eliminar el virus, es de restaurar el sistema, pero si los archivos afectados son archivos del sistema mismo, no te va a quedar otro que reinstalar el SO.
Importante por esto de hacer regularmente un respaldo de documentos y archivos importantes, ya que no sólo se pueden perder por un virus, sino también por un fallo técnico o rotura del PC.